Каждая заметка расположена в своей отдельной папке, вложенные папки как раз и создают дерево. Все другие вложенные папки считаются вложенными заметками. Вот, например, как выглядит дерево заметок этой справки: Attach:FileTree.txt

В каждой папке-заметке, как и в корне дерева, находится файл ''__page.opt'', в котором хранятся настройки отдельной заметки (теги, ее тип и т.д.). Кроме того во вложенных папках расположены файлы ''__page.text'' – собственно, содержимое заметки (формат этого файла зависит от типа страницы) и, возможно, ''__icon.*'' – иконка в любом графическом формате размером 16×16 пикселей.

В каждой папке-заметке есть вложенная папка ''__attach'', где располагаются прикрепленный файлы, поэтому для того, чтобы прикрепить файл к заметке, достаточно его скопировать в папку ''__attach''.

Благодаря такой структуре возможно открывать каждую ветвь как отдельное дерево, только при этом надо учитывать, что корневой элемент древа не содержит самой заметки, а используется только как контейнер для вложенных страниц.

В программе файлы и директории, созданные OutWiker'ом, начинаются с двух символов подчеркивания.