Първоначалните настройки на системата започват още с инсталацията. Част от тях са задаването на сървъра, на който ще се инсталира BEST (най-често localhost), както и базата данни и потребителският профил за достъп до нея. Също така BEST има нужда от директория за данни на дисковото пространство на сървъра, където да се качват файлове като например документи и ресурси за курсовете. Инсталаторът на BEST се опитва да създаде директорията, но ако не успее, потребителят трябва да направи това сам. От съображения за сигурност е най-добре тази папка да не е достъпна през интернет.
Създаването на администраторски профил също е много важно нещо. По подразбиране потребителското име за администратора е admin, но е препоръчително да се смени, както и да се избере парола, която предоставя добро ниво на сигурност и е различна от паролата за достъп до базата данни.